"Pejrup" er SFvJs største mellemstation. Den gamle stationsbygning er i dag i privat eje, men nord for denne er SFvJ ved at opbygge en ny station. I øjeblikket omfatter SFvJ-stationen 3 sidespor, der leder ind til en vognhal, der fortrinsvis bruges til opbevaring af vogne og lokomotiver, der ikke indgår i driften. Med tiden bliver Pejrup udbygget til i alt 3 sidespor til vognhallen og perron mellem  eksisterende gennemkørselsspor og nyt vigespor.